진단을 목적으로 하는 결장경 검사에서 합병증은 매우 드물게 발생합니다.

우선, 천공이 발생할 수 있으며 그 빈도는 약 1/1700입니다. 시술 도중 또는 직후에 소실되지 않는 심한 통증이 있으며 이 경우 대부분 수술적 치료가 필요합니다.

전처치로 사용되는 진정제 및 미주신경 반사에 의해 혈압의 강화, 심정지, 호흡정지가 발생할 수 있습니다. 이 역시 매우 드물며 대부분 일시적인 혈압강화로 오심, 구토, 어지러움 등의 증상이 있고 자연 회복됩니다.

이와 같은 합병증을 피하기 위하여 과거 환자가 복부 수술을 받은 경력이 있거나 심하게 통증을 호소하는 경우에는 무리하게 검사를 진행하지 않고 검사를 중단하는 경우가 있습니다.
진단적 목적이 아닌 치료적 결장경 검사에서는 천공의 빈도가 조금 더 높으며 그 외 출혈, 일시적인 패혈증 등의 합병증이 발생할 수 있습니다.