대부분의 대장직장암은 장내의 하나 혹은 여러 개의 세포에서 발생합니다. 이러한 세포는 분열하고 증식하여 양성 용종을 형성하고 이는 장벽에 돌출된 형상(사마귀같이 튀어나온 형상)으로 보입니다. 용종의 크기가 커짐에 따라 악성화가 진행되어 장벽을 침윤하거나 주변장기로 침범하게 됩니다. 이렇게 양성 용종이 악성 종양으로 진행되는 것은 각각의 세포를 조절하는 유전자의 변화나 변이에 의한다고 여겨집니다. 유전자의 변화나 변이는 유전될 수도 있고, 세포 내에서 자발적으로 일어날 수도 있습니다.

용종중 염증성 용종은 암으로 변화되지 않지만 선종성 용종은 암으로 변화됩니다. 그러므로 암으로 발전될 수 있는 선종을 조기에 제거하는 것이 암예방 중의 주요한 역할 중의 하나입니다.