대부분 충수 내강의 폐쇄로 인하여 발생한다고 받아들여지고 있습니다. 이는 림프 조직의 증식이나 분석(糞石, 딱딱해진 대변 덩어리, fecalith) 또는 이물질, 기생충(회충이나 조충 등), 종양 등에 의해 발생할 수 있습니다. 림프 조직의 증식은 주로 바이러스성 감염(홍역 등)으로 인해 발생할 수 있고 분석(fecalith)은 식물성 섬유질 주변의 대변이 농축되어 발생할 수 있습니다.

충수의 내강이 폐쇄되면, 지속적인 점액의 분비와 세균의 과성장이 발생하여 충수 내강의 압력이 올라가게 됩니다. 이것이 림프액과 정맥 혈류의 폐쇄를 가져와 충수의 부종을 가져오고 세균의 과성장을 더욱 유발하게 됩니다. 이에 급성 염증 반응이 나타나게 됩니다. 그렇게 되면 충수에 점점 더 부종이 발생하고 허혈 상태에 빠지게 되고 결과적으로 동맥혈 공급이 되지 않아 충수벽이 괴사되고 괴사된 충수벽을 통해 세균들이 복강으로 퍼지게 됩니다. 만약 이러한 과정이 천천히 진행된다면 신체의 염증에 대한 반응과 대망(배 안의 지방 조직, omentum)의 반응에 의하여 충수가 감싸지게 되어 국소적인 복막염이 되었다가 결국 충수 주위 농양이 됩니다. 만약 이러한 과정이 빠르게 진행되면 충수가 감싸지지 않게 되어 미만성 복막염(diffuse peritonitis)이 됩니다.

충수염이 재발하는 경우도 있는데 이는 수술하지 않고 항생제로만 치료했을 경우와 충수 절제술 시에 충수를 많이 남겨 두었을 경우 발생할 수 있습니다.