CT를 이용한 진단에 있어 가장 방해가 되는 경우는 검사 신체부위에 외부 조형물이 삽입된 경우로 특히 조형물이 금속성이라면 영상의 질을 매우 떨어뜨려 경우에 따라서는 검사부위의 판독이 불가능하기도 합니다.

흔한 경우로 치아 보철물이 삽입된 경우 구강 내 연부조직의 이상 여부를 정확히 판단할 수 없으며, 수술 후 보형물이 삽입된 뇌조직, 척추, 기타 골격 부위에서도 진단에 어려움이 있습니다.

무릎, 어깨, 손목, 발목, 팔꿈치 등 관절의 이상, 스포츠관련 인대 손상, 심장질환, 심근 경색증, 뇌경색 등의 질환에 있어서는 진단에 있어 제한적인 역할을 합니다.

뇌기저부나 척수질환 진단에 있어서도 주변 골조직에 의한 간섭으로 진단에 제한적이며, 위축(Collapse)되어 있는 위장관 질환 진단에도 어려움이 있습니다.